2000年5月，世界客属第十六届恳亲大会在闽西召开前夕,客家族谱馆在县图书馆姓氏谱牒室的基础上正式成立，2011年10月更名为客家族谱博物馆。如今，馆藏有143个姓氏2900多部2万多册客家族谱、19000多份的民国以前客家契约、近百幅客家祖图及客家神明崇拜图、1000多件客家地方文献资料（含客家文书、药书、医书、账本、道教手抄本、清刻本地方著作等）、客家民俗器物及客家方志等，其中，馆藏民国以前客家族谱五千多册，涵盖了闽台客家百家姓开基始祖族谱和完整的少数民族雷、蓝、钟等姓族谱，已基本建成以客家族谱为中心，涉及客家宗族文献、民俗器物文物为一体的藏品体系，藏品收藏规模大、内容丰富完整、形式多样化。

客家族谱博物馆自成立以来，充分利用馆藏血缘文化这一优势，为包括台湾同胞在内的数以万计的客家乡亲提供了寻根探源、族谱对接等服务，成功举办“客家族谱赴台湾展”、“海峡论坛·闽台姓氏族谱和涉台文物展暨宗亲恳亲会”和“闽台客家族谱文化学术研讨会”活动，出版过《闽台客家血缘关系》等客家族谱研究专著，其作用和影响在全球客属乡亲中日益彰显，成为福建省对台工作的新亮点和开展两岸文化交流的重要基地。

福建对台有着“五缘”优势，在县委县府领导下，客家族谱博物馆朝着将其建成为世界客家人家族史料收藏中心、客家史展示中心，客家学术研究交流中心、两岸客家人同根同源的教育基地，并使之成为对台文化交流的重要平台和载体，吸引更多台湾同胞回大陆寻根谒祖，促进台湾乡亲对“根”、“祖”、“脉”的认同，为祖国和平统一大业服务。